Основна дејност на Комората е:
- Континуиран професионален развој на фармацевтите за вршење на фармацевтската дејност;
- организирање и спроведување на пробна работа и полагање на стручен испит заради добивање на лиценца за работа;
- издавање, продолжување, обновување и одземање на лиценци за работа;
- признавање на пробна работа и стручен испит поминат и положен во странство;
- утврдување облици, критериуми и постапка за континуиран професионален развој;
- постојано стручно усовршување на своите членови преку разни облици на континуирано образование на начин утврден со општ акт во согласност со закон;
- водење регистар на издадени, продолжени, обновени и одземени лиценци за работа ;
- водење регистар на фармацевти – членови на Комората;
- вршење надзор над стручната работа на здравствените установи и здравствените работници – фармацевти кои работат во нив;
- издавање публикации заради навремено и континуирано информирање на своите членови со актуелните состојби во фармацијата;
