Стручен надзор над работата на здравствените установи и здравствените работници е јавно овластување , со кое Фармацевтска комора на Македонија се стекна со донесувањето на Законот за здравствената заштита во 2012 година (Сл. Весник на РМ 43/2012). Стручен надзор се врши заради контрола над стручната работа, спроведување на стручните упатства, оцена на стручната работа, како и процена на условите и начинот на укажување на здравствената заштита.
Надзорот може да биде редовен и вонреден. Редовен надзор се врши според претходно утврден годишен план. Вонредниот стручен надзор се врши во случај на пријава за работата на здравствената установа, односно за работата на фармацевтиве при вршењето на фармацевтската здравствена дејност. Пријава може да поднесе пациент, член на неговото семејство и државен орган. Стручниот надзор го спроведуваат вршители кои се фармацевти што исполнуваат определени критериуми.
При стручниот надзор се проверува, оценува и контролира организацијата на работата на здравствената установа, начинот на работата на здравствената установа, стручната квалификација на фармацевтите, описот на работата, правата и обврските на фармацевтите, стручната работа на фармацевтите, нивната континуирана едукација, водењето на службените книги и спроведувањето на законските прописи и стручни упатства. Заради објективно, ефикасно и квалитетно вршење на стручниот надзор, без субјективно влијание на вршителите при негово спроведување се користи Листа на показатели. По завршувањето на стручниот надзор, вршителите изготвуваат записник кој го доставуваат до Комисијата во Комората задолжена за стручниот надзор. Комисијата понатаму поднесува известување до Министерството за здравство.
Доколку вршителите утврдат неправилност во работата, должни се да дадат упатство заотстранување на неправилноста. Исто така тие се должни да дадат и упатство за подобрување на работата во целост. Доколку фармацевтите и здравствената установа не ги спроведат упатствата во рокот кој го утврдуваат вршителите, тогаш Комисијата ги известува надлежните државни органи и органите и телата на Комората.