Претседателот на Собранието е негов член и се залага за:

• Афирмација на фармацевтската професија;
• Развој и модернизација на работењето на Комората;
• Непристрасно и рамноправно претставување на интересите на одделните сегменти на фармацевтската дејност;

Извршниот одбор има 11 члена. Територијалните единици од 1 до 7 имаат по еден член – претставник, додека територијалната единица 8 има 3 члена – претставници во Извршниот одбор.

Претседателот на Комората , по функција е член на Извршниот одбор и негов претседател.
Членовите на Извршниот одбор се избираат од Собранието на Комората на предлог на територијалните единици.

Извршниот одбор ги извршува следните задачи:

•  му предлага на Собранието донесување на програма за работа и финансиски план;
•  разгледува и донесува предлози на материјалите за седниците на Собранието;
•  ја спроведува програмата за работа и финансискиот план и другите одлуки на Собранието и за тоа го известува Собранието;
•  разгледува предлози на членовите за дејствување на Комората
•  извршување на актите што ги донесува Собранието;
•  утврдување на предлозите на актите што ги донесува Собранието;
• покренува иницијатива за донесување и измени на соодветни закони и други прописи;
•  разгледува и зазема ставови за развојот на дејноста на Комората кои влијаат врз унапредувањето на работењето;
• обезбедува јавност од работењето на Комората;
•  ги донесува и усвојува сите општи акти кои не се во надлежност на Собранието;
•  поднесува извештај на Собранието за својата работа ;
• формира постојани или привремени работни тела за извршување на определени задачи;
•  управува со средствата со кои располага Комората;
• усвојува завршна сметка за претходната година;
•  врши надзор над работата на стручната служба и решава за засновање и престанување на работниот однос на работниците во стручната служба;
• распишува конкурс и избира секретар на Комората;
• решава по приговори и жалби на решенија од работниот однос;
• му предлага на Собранието зачленување во соодветни сродни организации и асоцијации во земјата и странство;
•  во согласност со закон ги класифицира документите и податоците што претставуваат тајна и чие соопштување би било спротивно на интересите на Комората;
• врши и други работи утврдени со овој Статут или со други акти на Комората.

За својата работа Извршниот одбор е одговорен пред Собранието на Комората.

Претседателот на Комората се грижи за остварување на функциите на Комората.

Претседателот на Комората:

•  раководи со работата на Комората;
• донесува одлуки, решенија и други акти во врска со раководењето на работењето на Комората, а кои не спаѓаат во надлежност на другите органи;
• ги потпишува актите донесени на седниците на Извршниот одбор;
• презема активности спроведување на актите што ги донесува Собранието, Извршниот одбор, комисиите и другите органи на Комората;
• ги потпишува документите од материјално финансиско работење на Комората;
• ги потпишува спогодбите што ги склучува Комората;
• врши и други работи утврдени со закон, Статутот и со други акти на Комората.

Судот на честа одлучува за повреда на етичките и професионалните норми, повреда на одредбите на овој Статут и другите акти на Комората, неизвршување на обврските на членовите на Комората и сл.
Судот на честа при вршењето на својата функција е независен и суди врз основа на Уставот, Законот, Статутот и другите општи акти на Комората.
Обвинителот постапува по пријави за поведување постапка за повреда на одредби од кодексот на етички должности и права на фармацевтите.

Надзорниот одбор врши надзор над:

• законитоста и правилноста на работењето на Комората;
• користењето на средствата на Комората и целокупното материјално и финансиско работење на Комората;
• извршување на обврските на членовите на Комората ;
• финансиското работење;
• сметководствените документи;
• користењето на средствата за работа на стручната служба на Комората;
• други работи определени со овој Статут и акти на Комората.