За да се овозможи активна положба и улога на фармацевтите во остварувањето на дејноста, целите и задачите на Комората, нејзините членови се организираат врз територијален принцип  – на 8 територијални единици.

Фармацевтите со живеалиште или престојувалиште на подрачјето на една територијална единица го сочинуваат членството на Комората од таа територијална единица.