Основна дејност на Комората е:

• Континуиран професионален развој на фармацевтите за вршење на фармацевтската дејност;
• организирање и спроведување на пробна работа и полагање на стручен испит заради добивање на лиценца за работа;
• издавање, продолжување, обновување и одземање на лиценци за работа;
• признавање на пробна работа и стручен испит поминат и положен во странство;
•  утврдување облици, критериуми и постапка за континуиран професионален развој;
• постојано стручно усовршување на своите членови преку разни облици на континуирано образование на начин утврден со општ акт во согласност со закон;
• водење регистар на издадени, продолжени, обновени и одземени лиценци за работа ;
• водење регистар на фармацевти – членови на Комората;
• вршење надзор над стручната работа на здравствените установи и здравствените работници – фармацевти кои работат во нив;
• издавање публикации заради навремено и континуирано информирање на своите членови со актуелните состојби во фармацијата;