Цели и задачи на Комората се:

• застапување и заштитување на интересите на своите членови;
• рамноправно учествување заедно со државните органи, универзитетите и другите институции во активностите за обезбедување на соодветна положба и улога на фармацевтите во општеството;
• учествување во подготвувањето на законите и други прописи од областа на здравството на Република Македонија и во утврдувањето стручни ставови за вршење на фармацевтската дејност;
• заштита на интересите на професијата;
• следење на работата на дипломираните фармацевти во поглед на почитување на начелата на фармацевтската етика, применување на стандарди и потребен квалитет во работата;
• грижа за одбрана на честа и независноста на фармацевтската професија;
• поттикнување на соработка меѓу своите членови и соработка со други сродни домашни и странски физички и правни лица;
• остварување и на други активности во согласност со законите, со овој Статут и други прописи.